Λίγο πριν εκπνεύσει ο 19ος αιώνας η Σάμος χαρακτηριζόταν από τους περιηγητές ως ένα μαγευτικό εμπόδιο κατά τη διάρκεια του ταξιδιού από Σμύρνη προς Κάλυμνο, ενώ ο Λιμήν Βαθέος, η σημερινή πρωτεύουσα, ήταν σύμφωνα με τον αυστριακό λόγιο Παύλο Λινδαίο το 1899 μια κομψή πρωτεύουσα με καθαρούς δρόμους και προκυμαία, με λευκά σπίτια καλαίσθητα, ξεχωρίζοντας από τις άλλες πρωτεύουσες των ελληνικών νησιών και των ακτών της Μ. Ασίας, γιατί είχε δικά της γραμματόσημα, τηλέφωνο με δίκτυο σε όλα τα κέντρα του νησιού και εικονογραφημένα ταχυδρομικά δελτάρια.
Δεν είχε ακόμη αυτοκίνητα, ούτε καλό οδικό δίκτυο, ούτε λιθοστρώσεις εκτεταμένες, εφόσον αναγγέλλονταν σχέδια που ποτέ δεν εκτελούνταν. Αλλά η Σάμος δεν ήταν μόνο η χώρα σημαντικού παρελθόντος μα και των ονείρων του μέλλοντος. Επικρατούσε θορυβώδης αισιοδοξία σε σχέση με αυτό που θα γινόταν προσεχώς. Το προσεχώς αποτελούσε την ημερήσια διάταξη. Προσεχώς θα φωτογραφίζονταν τα σπουδαιότερα σημεία του νησιού, προσεχώς θα λιθοστρώνονταν οι δρόμοι, προσεχώς θα εισήγαγε κάποιος το πρώτο αυτοκίνητο.
Είχαν περάσει 68 χρόνια από το 1832, τότε που η Σάμος αναγκάστηκε να αφήσει πίσω το σημαντικό πρόσφατο παρελθόν από τη συμμετοχή της και τον αγώνα της στην επανάσταση του 1821, αφού ως γνωστόν η ευρωπαϊκή διπλωματία για να επιλύσει το ελληνικό ζήτημα είχε επιβάλει στην Οθωμανική αυτοκρατορία, το μεγάλο ασθενή, τη δημιουργία ενός μικρού ελληνικού κράτους. Η Σάμος δεν ευτύχησε να περιληφθεί στα όρια αυτού του κράτους γιατί χρησιμοποιήθηκε ως αντίβαρο της απελευθέρωσης της Αττικής από τους Τούρκους και της αποχώρησής τους από την Ακρόπολη. Παρόλα αυτά συνέχισε τον αγώνα προβάλλοντας την απαίτηση εφαρμογής της διακήρυξης ότι «ελεύθερα είναι τα μέρη όσα έλαβαν τα όπλα κατά του εχθρού». Για να ησυχάσουν τα πράγματα της Ανατολής και να ηρεμήσει η Σάμος που συνέχιζε τον αγώνα, η Αγγλία, η Γαλλία και η Ρωσία για τη διατήρηση των ισορροπιών στο αιγαιακό χώρο, έπεισαν το Σουλτάνο να παραχωρήσει στο νησί προνόμια με ηγεμονικό ημιαυτόνομο καθεστώς. Οι τρεις Δυνάμεις ονομάστηκαν προστάτιδες και η επικυριαρχία του Σουλτάνου αποδεικνυόταν με την τοποθέτηση εκ μέρους του ηγεμόνα, που έπρεπε να είναι Έλληνας στο γένος και Χριστιανός ορθόδοξος στη θρησκεία, και την καταβολή από το μέρος των Σαμίων ετήσιου φόρου. Ένα από τα προνόμια ήταν η εκλογή πληρεξουσίων από τα τέσσερα τμήματα του νησιού ( Βαθέος, Χώρας, Καρλοβασίων, Μαραθοκάμπου), η ετήσια συνέλευση αυτών για την ανταλλαγή απόψεων, τη λήψη αποφάσεων και την εκλογή των τεσσάρων βουλευτών που θα συνεργάζονταν με τον Ηγεμόνα για τη διοίκηση του νησιού και όλα τα σχετικά θέματα.
Η ιστορία του ηγεμονικού καθεστώτος (1834-1912), που στην ουσία επιβλήθηκε δια της βίας και αφού αποχώρησαν οι ηγέτες της επανάστασης, χαρακτηρίζεται αφενός μεν από την απαίτηση των Σαμίων για τη μη αμφισβήτηση του ημικυρίαρχου της Σάμου, αφετέρου δε από τη διαρκή υπεράσπιση της εσωτερικής αυτονομίας και από την απόκρουση των ενεργειών της Πύλης που απέβλεπε στην άμεση ή έμμεση κατάργηση των εξουσιών εσωτερικού αυτοπροσδιορισμού. Η δυνατότητα των Σαμίων να οργανώσουν δικό τους κρατικό μηχανισμό, νομοθετική και δικαστική εξουσία, να εμπλουτίζουν το δημόσιο βίο με πρόσφορους θεσμούς, να εισάγουν νομοθεσίες, είχε συμβάλει στην κραταίωση της αυτοδιοικητικής ιδέας ως συλλογικής συμπεριφοράς και ως πολιτικής ιδεολογίας. Βέβαια δεν ξεχνάμε και την προεργασία που είχε συντελεστεί σ? αυτόν τον τομέα κατά τη διάρκεια της Επανάστασης με το «Στρατοπολιτικό διοργανισμό» του Λυκούργου Λογοθέτη.
Κατά το τελευταίο τέταρτο του 19ου αιώνα η αυτοδιοικητική συγκρότηση της Ηγεμονίας είχε ισχυροποιηθεί, γεγονός που αποδεικνύεται από τα κινήματα αποπομπής πολλών Ηγεμόνων. Παράλληλα παρατηρήθηκε οικονομική ανάπτυξη, χωρίς όμως τις απαραίτητες υποδομές , με κύριο προϊόν εξαγωγής το κρασί, ανάπτυξη που κατέρρευσε κατά την αλλαγή των συνθηκών, όπως την επανεμφάνιση της Γαλλίας στην αγορά κρασιού μετά από περίοδο φυλλοξήρας. Τότε επιβλήθηκαν στα σαμιώτικα κρασιά δασμοί που τα εξοβέλισαν από τις ευρωπαϊκές αγορές και ο οικονομικός μαρασμός ήταν το επόμενο βήμα για τη Σάμο. Εν τω μεταξύ στο νησί είχε εμφανισθεί αστική τάξη που αποτελούνταν από μεγάλους εμπόρους, επιστήμονες και πολιτικούς. Η καθημερινή ζωή για τους κατοίκους των μεγάλων πόλεων ήταν καλύτερη από αυτή των αγροτών, ιδίως των ακτημόνων, από τους οποίους πολλοί αναγκάζονταν να μεταναστεύουν προσωρινά στη Μ. Ασία και να προσφέρουν την εργασία τους ως θεριστάδες. Βέβαια δεν ξεχνάμε και την καπνοκαλλιέργεια στο νησί που είχε τονώσει τη βιοτεχνική παραγωγή με τη δημιουργία καπνεργοστασίων. Μιλάμε λοιπόν για μια κοινωνία με αντιφάσεις και διαμάχες υπαρκτές με τον ανάλογο αντίκτυπο στην κοινωνική ζωή.
Παρά τις κοινωνικές αντιφάσεις , τις πολιτικές διεργασίες και τις ανακατατάξεις όσον αφορά τις σχέσεις με την Πύλη, κίνημα ή κίνηση αλυτρωτισμού δεν εκφράστηκε ανοιχτά μέχρι την κρητική επανάσταση του 1896. Η ενεργός ελληνική ανάμειξη και οι επεμβάσεις των Δυνάμεων στην περιοχή προκάλεσαν ανάφλεξη και οδήγησαν στη στρατιωτική σύγκρουση Τουρκίας και Ελλάδας. Είναι πρόδηλο ότι ο αντίκτυπος αυτών των γεγονότων συγκίνησε την εσωτερική ζωή της Σαμιακής Ηγεμονίας. Η σαμιακή κυβέρνηση προθυμοποιήθηκε να δεχτεί για εγκατάσταση στο νησί πλήθος Κρητών προσφύγων. Ο ελληνοτουρκικός πόλεμος του 1897 με την ατυχή κατάληξη για την Ελλάδα προκάλεσε κλυδωνισμό και στη Σάμο, όσο κι αν η τοπική ηγεσία διαχειρίσθηκε τα γεγονότα με τέτοιο τρόπο που να μην ανατραπεί ο έλεγχος.
Αν και ο έλεγχος δεν ανατράπηκε, η φλόγα της ιδέας της Ένωσης με την Ελλάδα είχε ανάψει πλέον. Νέοι πολιτικοί εμφανίζονται στο προσκήνιο, όπως ο Θεμιστοκλής Σοφούλης που εγκατέλειψε τη θέση του υφηγητή της αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών το 1899 για να γυρίσει στην πατρίδα του. Ως αρχηγός του νεοϊδρυθέντος «Προοδευτικού Κόμματος» αναμετρήθηκε εκλογικά με τα παλιά κόμματα, ιδίως με αυτό του βουλευτή Χατζηγιάννη από το Καρλόβασι. Στις εκλογές του 1906 κέρδισε οριστικά. Τα πράγματα όμως άρχισαν να γίνονται δύσκολα για τη Σάμο. Οι Τούρκοι χωρίς προσχήματα επεδίωξαν να την καταστήσουν τουρκική επαρχία. Ο Σοφούλης και η παράταξή του αγωνίστηκαν από την πρώτη στιγμή για την επαναφορά εκείνων των προνομίων που είχαν αφαιρεθεί. Γι? αυτό ταξίδεψε στην Κων/πολη όπου συναντήθηκε με τον Φερίτ πασά που επεχείρησε να τρομοκρατήσει το Σάμιο ηγέτη. Η απάντησή του «αι απειλαί δεν έχουν τόπο ούτε φέρουν αποτελέσματα» επέφερε την άμεσο απέλασή του. Η τουρκική διοίκηση γνώριζε καλά πως κάτω από τα λόγια του Σοφούλη και τις διακηρύξεις κρυβόταν ο πόθος της απελευθέρωσης και της ένωσης με την Ελλάδα. Όλα αυτά τα χρόνια παρακολουθούσε άγρυπνα τη Σάμο γι? αυτό και υπέθαλπε τις διαμάχες των κομμάτων. Ο Ηγεμόνας αναμειγνυόταν παντού. Τμήμα στρατού τώρα παρέμενε στο νησί παρά τις διαμαρτυρίες για την παραβίαση του οργανικού χάρτη, ο φρούραρχος ήταν πανταχού παρών και όλοι ενεργούσαν κατόπιν εντολών.
Μέσα σ αυτό το κλίμα ο Θ. Σοφούλης στη Συνέλευση κατά τη συνεδρίαση της 18ης Ιουνίου 1906 παρουσίασε ένα υπόμνημα για τους πρεσβευτές των τριών προστάτιδων Δυνάμεων στην Κων/πολη με το οποίο διεκδικούσε και πάλι την εφαρμογή των προνομίων του Οργανικού χάρτη μέσα στα όρια του καθεστώτος πολιτεύματος και μέχρι την οριστική αποκατάσταση της Σάμου. Οι λόγοι του προκάλεσαν τον ενθουσιασμό των πληρεξουσίων και του λαού που παρακολουθούσε από τα θεωρεία τη συνεδρίαση. Στην αίθουσα της Βουλής των Σαμίων οι ζητωκραυγές αναμειγνύονταν με τη λέξη «Ένωση». Η φλόγα είχε γίνει πυρκαγιά.
Ακολούθησε μια ταραγμένη περίοδος. Τον ηγεμόνα Βιθυνό, του οποίου η ηγεμονία χαρακτηρίζεται χειρίστη, διαδέχθηκε ο Κων/νος Καραθεοδωρής ο οποίος συνεργάστηκε αρμονικά με το Σοφούλη και γι? αυτό ανακλήθηκε από την Πύλη. Ο διάδοχός του Γεωργιάδης βάδισε για λίγο στα ίχνη του Βιθυνού και παραιτήθηκε. Στις 21 Δεκεμβρίου 1907 τοποθετήθηκε ηγεμόνας ο Ανδρέας Κοπάσης. Υπήρξε ένας από τους πιο μορφωμένους ηγεμόνες αλλά στην ομιλία του δήλωσε ότι θα ασκούσε τα καθήκοντά του προστατεύοντας πρώτα τα δικαιώματα της Πύλης. Αρνήθηκε να συγκληθεί Συνέλευση που θα ζητούσε, καθώς είχε πληροφορηθεί, την πλήρη αποκατάσταση των προνομίων και επήλθε μεγάλη σύγκρουση ηγεμόνα-κυβέρνησης. Η κατάσταση οξύνθηκε ιδίως μετά την έλευση στις 12 Μαΐου 1908 τουρκικού στρατού στον οποίο αρχικά οι Σαμιώτες αντιστάθηκαν. 50 Τούρκοι σκοτώθηκαν και 30 Σαμιώτες. Οι τουρκικές δυνάμεις όμως συνεχώς αυξάνονταν με αποτέλεσμα ο Κοπάσης να έχει τον πλήρη έλεγχο, να αρχίσουν διώξεις, συλλήψεις και ο Σοφούλης, που είχε φυγαδευθεί, καταδικάστηκε σε θάνατο. Ο τουρκικός στρατός μετά από μια περίοδο αγριοτήτων και λεηλασιών έγινε απόλυτος κύριος του νησιού, ενώ ο Κοπάσης καταργώντας τις αρχές και διώκοντας τους αξιωματούχους κυβέρνησε απολυταρχικά.
Ο Κοπάσης δολοφονήθηκε στις 9 Μαρτίου 1912 από τον μακεδόνα οπλαρχηγό Σταύρο Μπαρέτη που είχε σταλεί στη Σάμο για το σκοπό αυτό από το Μακεδονικό Κομιτάτο Αθηνών το οποίο, σύμφωνα με νεότερες πληροφορίες ,είχε αναθέσει τη διοργάνωση της εκτέλεσης στο Μακεδονομάχο Αθανάσιο Σταυρούδη, ο οποίος και στρατολόγησε τον συντοπίτη του Μακεδόνα αγωνιστή Μπαρέτη, ρυθμίζοντας τις λεπτομέρειες της υλοποίησης της.
Είναι γνωστό ότι ο μακεδονικός αγώνας συνδεδεμένος με το φαινόμενο του εθνισμού που έκανε έντονη την εμφάνισή του στην Ανατολή και στα Βαλκάνια, είχε απορροφήσει το αποκλειστικό ενδιαφέρον του κράτους και της κοινής γνώμης στην Ελλάδα από το 1904 ως το 1908. Η Ελλάδα καθώς ετοιμαζόταν για την εξόρμησή της προς το βορρά φαινόταν να δείχνει περιορισμένο ενδιαφέρον όχι μόνο για τη Σάμο αλλά και για την Κρήτη και αυτό είχε προκαλέσει άδικες επιθέσεις κατά του Ελ. Βενιζέλου.
Η πολιτική αστάθεια που επικράτησε σε ολόκληρη την Οθωμανική Αυτοκρατορία στις αρχές του 20ου αι. δεν είχε απειλήσει ακόμα την ακεραιότητά της. Το πρώτο καίριο ρήγμα στην καρδιά των εδαφών της αυτοκρατορίας έγινε τον Απρίλιο του 1912 από την Ιταλία που θέλοντας να ελέγχει την Κυρηναϊκή στη Β. Αφρική βομβάρδισε τα Δαρδανέλια, τη Σάμο και κατέλαβε τα Δωδεκάνησα. Η παρουσία της Ιταλίας προκάλεσε ανησυχία στις μεγάλες Δυνάμεις και στην Ελλάδα και για πρώτη φορά η προοπτική των νησιών του ανατολικού Αιγαίου εμφανιζόταν στο προσκήνιο δίπλα σ? εκείνη της Κρήτης, της Μακεδονίας και της Ηπείρου.
Το Σεπτέμβριο του 1912 ο . Σοφούλης, ο εξόριστος επαναστατικός ηγέτης της Σάμου, ενθαρρυμένος από την επιτυχία των Ικαριωτών, που τον Ιούλιο του 1912 είχαν επαναστατήσει και μετά από οδηγίες της Αθήνας είχαν κηρύξει αυτόνομη πολιτεία, ανησυχώντας για τη δράση της Ιταλίας επεδίωξε να συνδέσει τον αγώνα των Σαμίων με εκείνον των Κρητών και να προκαλέσει την επέμβαση των προστάτιδων Δυνάμεων. Στις 7 Σεπτεμβρίου 1912 με μια μικρή ομάδα ενόπλων Κρητών και Ικαριωτών αποβιβάστηκε στον Όρμο Μαραθοκάμπου, εξέδωσε προκήρυξη από το Καρλόβασι διεκδικώντας την επαναφορά των προνομίων που είχαν καταργηθεί (ηγεμόνας ήταν ο Γρηγόριος Βεγλερής) , εγκατέστησε τη βάση του στους Μυτιληνιούς και προσπάθησε να προχωρήσει με τους άνδρες του, που είχαν ενισχυθεί και από τους ντόπιους, προς το Βαθύ. Η αντίσταση των τουρκικών δυνάμεων έτρεψε τους ολιγάριθμους επαναστάτες σε υποχώρηση. Στο μεταξύ, ήδη από τα μέσα Αυγούστου, με την υπόνοια αναταραχής, είχαν καταπλεύσει από την Κρήτη δύο πολεμικά πλοία, το βρετανικό «Μήδεια» και το γαλλικό «Bruix. Ο Σοφούλης κατέφυγε στο γαλλικό πολεμικό του οποίου ο κυβερνήτης πέτυχε να εξασφαλίσει πενθήμερη ανακωχή.
Παρότι η αποβίβαση των επαναστατών στη Σάμο δεν είχε αρχικά τη συγκατάθεση της ελληνικής κυβέρνησης, το επεισόδιο αυτό οδήγησε στην ενεργότερη παρέμβασή της. Με αφορμή το βομβαρδισμό από την τουρκική φρουρά της πόλης του ελληνικού ατμόπλοιου «Ρούμελη» η Αθήνα διαμαρτυρήθηκε στις προστάτιδες δυνάμεις για προσβολή της σημαίας και αξίωσε να επέμβουν για να αποσυρθούν τα τουρκικά στρατεύματα από το νησί και να εξασφαλίσουν την αποκατάσταση των προνομίων του. Απείλησε μάλιστα να στείλει και ελληνικό πολεμικό στα ύδατα της Σάμου. Η απόσυρση των Τούρκων από το νησί ήταν ένα από τα αιτήματα που περιλήφθηκαν στο ελληνικό τελεσίγραφο προς την Πύλη στις 18 Σεπτεμβρίου. Την ίδια ημέρα έληγε και η ανακωχή που είχε εξασφαλίσει ο Σοφούλης και επικρατούσε μεγάλη ανησυχία. Την επομένη ο ηγεμόνας ανακοίνωσε ότι είχε διαταχθεί η εκκένωση του νησιού από τα τουρκικά στρατεύματα. Οι τουρκικές δυνάμεις εγκατέλειψαν οριστικά το νησί στις 23 Σεπτεμβρίου, το απόγευμα. Ο ήλιος έδυε, τα πλοία έβγαιναν από το λιμάνι και ο λαός ξεχύθηκε στους δρόμους για πανηγυρισμό.
Ακολούθησε καθολική ψηφοφορία που ανέδειξε νέα Εθνοσυνέλευση της οποίας πρόεδρος εξελέγη ο Σοφούλης. Άρχισαν οι εργασίες για τη διαμόρφωση του νέου καθεστώτος αλλά σύντομα η κατάσταση άλλαξε. Η κήρυξη του Α? Βαλκανικού πολέμου εναντίον της Τουρκίας τον Οκτώβριο του 1912 ήταν γεγονός. Με την ελληνική κυριαρχία στο Αιγαίο ένα σύνθημα επικράτησε: ΕΝΩΣΗ.
Σε έκτακτη σύγκληση της Εθνοσυνέλευσης στις 11 Νοεμβρίου ο Σοφούλης κήρυξε την ένωση με την Ελλάδα στέλνοντας ψήφισμα στον Ελ. Βενιζέλο. Εκείνος απάντησε θετικά με την επιφύλαξη των διπλωματικών δυσχερειών. Πρόεδρος της προσωρινής κυβέρνησης διορίσθηκε ο Σοφούλης μέχρις ότου στις 2 Μαρτίου του 1913 κατέπλευσαν στο Βαθύ το θωρηκτό «Σπέτσαι» με τα αντιτορπιλικά «Νίκη» και «Βέλος» για την απελευθέρωση του νησιού. Διπλωματικά το θέμα έκλεισε στις 31 Ιανουαρίου του 1914.