Σκοπός της κατασκευής του ήταν ο έλεγχος της νότιας εισόδου στον όρμο του Ναυαρίνου, αφού πλέον η βόρεια πρόσβαση (Στενό Συκιάς ή Φάλτσα Μπούκα) και το εκεί λιμάνι, στη λιμνοθάλασσα της περιοχής Διβάρι ή Ριβάρι, δεν μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν λόγω προσχώσεων. Ονομάστηκε «Νιόκαστρο» σε αντιδιαστολή με το προγενέστερο φρούριο του Κυρυφασίου (Παλιόκαστρο ή Παλιό Ναβαρίνο), που ήλεγχε τη βόρεια είσοδο και το παλιό λιμάνι.
Το 1715 οι Τούρκοι ανακατέλαβαν το Νιόκαστρο μαζί με την Κορώνη και το Παλαιοναβαρίνο. Οι Ενετοί είχαν ανατινάξει το κάστρο πριν αποχωρήσουν, αλλά οι Τούρκοι το επισκεύασαν, και από τότε άρχισε να αναπτύσσεται μέσα στο φρούριο ένας πυκνοδομημένος οικισμός.
Το 1770, στα Ορλωφικά, οι αδελφοί Ορλώφ καταλαμβάνουν προσωρινά το Νιόκαστρο το οποίο με την απομάκρυνση του ρωσικού στόλου γνωρίζει την 6η Ιουλίου 1770 την εκδικητική μανία των Τουρκαλβανών που έστειλε η Πύλη.
Οι κάτοικοι του Νιόκαστρου εξεγέρθηκαν το 1821 με αρχηγούς τους Γεωργάκη και Νικόλαο Οικονομίδη και πολιόρκησαν το φρούριο την 25η Μαρτίου 1821. Το κάστρο παραδόθηκε στους Έλληνες στις 7 Αυγούστου 1821.
Το 1825 ο Ιμπραήμ πασάς αποβιβάζεται στη Μεθώνη και το Νιόκαστρο γίνεται θέατρο μιας από τις πιο σημαντικές επιχειρήσεις της εκστρατείας του. Αρχικά ο Ιμπραήμ κυριεύει τη νήσο Σφακτηρία και σφάζει τους 200 υπερασπιστές της. Πολιορκεί έπειτα στενά το Νιόκαστρο, κόβει το νερό του υδραγωγείου και το κανονιοβολεί για 3 ημέρες. Μεταξύ των επικεφαλής από Ελληνικής πλευράς είναι και o στρατηγός Μακρυγιάννης που αφηγείται τα γεγονότα στα Απομνημονεύματά του. Οι Έλληνες αναγκάζονται να παραδοθούν την 11 Μαίου 1825.
Στον κόλπο του Ναβαρίνου, τον Οκτώβριο του 1827 οι στόλοι των Μεγάλων Δυνάμεων της εποχής ναυμάχησαν και νίκησαν τον Ιμπραήμ προκειμένου να τον αναγκάσουν να σταματήσει τις λεηλασίες στο Μοριά.
Μετά το 1830 ιδρύθηκε εκτός των τειχών η νέα πόλη που ονομάστηκε «Πύλος», το κάστρο εγκαταλείφθηκε και ο χώρος της ακρόπολης μετατράπηκε σε φυλακές. Το Νεόκαστρο ή Νέο Ναβαρίνο, όπως ονομάστηκε σε αντιπαραβολή με το Παλαιό Ναβαρίνο, κτίστηκε σε μια εποχή όπου για την διεξαγωγή του αμυντικού και επιθετικού πολέμου χρησιμοποιούσαν πυροβόλα όπλα. Τα τείχη ήταν παχιά, για να αντέχουν στους κανονιοβολισμούς, χαμηλά, για να αποφεύγεται ο στόχος των βλημάτων και με κλίση, για να είναι πιο ήπια η κρούση, και ενισχύθηκαν με ισχυρούς προμαχώνες.
Οι δύο σημαντικότεροι προμαχώνες βρίσκονται στην πλευρά της θάλασσας (ο λεγόμενος Έβδομος και ο Santa Maria) και προστάτευαν την είσοδο και το λιμάνι. Στο υψηλότερο και πιο ευάλωτο σημείο του κάστρου κτίστηκε η ακρόπολη η οποία ενισχύθηκε με άνυδρη τάφρο εξωτερικά, έξι πεντάπλευρους προμαχώνες και σχεδόν εξήντα κανόνια στις επάλξεις.
Εντυπωσιακό είναι το νότιο τείχος του κάστρου, η λεγόμενη Μεγάλη Βέργα, που συνδέει την ακρόπολη με τον Έβδομο. Η είσοδος στο κάστρο γινόταν από την νοτιοανατολική πλευρά, όπου στέκεται η επιβλητική πύλη, η «Ζεματίστρα». Μέσα στο κάστρο συναντά κανείς μόνο τα ερείπια των κατοικιών, και των δημόσιων κτηρίων, καθώς και το επιβλητικό τζαμί, το οποίο με την απελευθέρωση μετατράπηκε στην ορθόδοξη εκκλησία της Μεταμορφώσης του Σωτήρος.