Το φρούριο κτίστηκε για να ελέγχει την κοιλάδα του Αποκόρωνα, από την οποία διερχόταν το πέρασμα προς τα Χανιά. Μαζί με τους άλλους Κουλέδες που έκτισαν οι Τούρκοι στον Αποκόρωνα, ήλεγχε το λιμάνι της Σούδας και υποστήριζε το κοντινό φρούριο Ιντζεδίν. «Φρούριο Απτέρων» είναι μια εξελληνισμένη απόδοση της ονομασίας του φρουρίου.
Το όνομα αυτό δόθηκε από την παρακείμενη αρχαία πόλη Άπτερα. Το φρούριο πάντως παλιά ήταν γνωστό σαν Κούλες του Σιούμπαση ή απλά Κούλες. Το φρούριο κτίστηκε από τους Τούρκους μετά την Κρητική Επανάσταση του 1866, κατά τη διάρκεια ενός προγράμματος για τον επανέλεγχο της Κρήτης με ένα δίκτυο από οχυρωματικά έργα. Συγκεκριμένα άρχισε να κτίζεται τον Δεκέμβριο του 1867, ολοκληρώθηκε μέσα στο 1868 και αποτελεί αντιπροσωπευτικό δείγμα φρουριακής Αρχιτεκτονικής του 19ου αιώνα. Το φρούριο ήταν το μεγαλύτερο φρουριακό συγκρότημα της εποχής του και περιλαμβάνει χώρους, οι οποίοι αναπτύσσονται συμμετρικά σε σχήμα Π, περιμετρικά σε μια ορθογώνια αυλή.
Οι κυκλικοί του πύργοι καταλαμβάνουν τη νοτιοδυτική και νοτιοανατολική γωνία του φρουρίου, ενώ η κεντρική πύλη βρίσκεται στην ανατολική του όψη, προφυλαγμένη κατάλληλα από μια εσοχή (αυτιά). Στις επάλξεις, που ήταν στο δώμα του Κούλε, ανέβαιναν οι στρατιώτες με εσωτερικές ξύλινες σκάλες. Το φρούριο διέθετε όλους τους αναγκαίους χώρους στρατωνισμού, διαμονής αξιωματικών, αποθήκευσης, φυλάκισης, παρασκευής φαγητού, εστίασης, κ.α. Η καλή κατάσταση του φρουρίου οφείλεται στην άριστη ποιότητα κατασκευής των τοίχων του.