Με την ελληνική κυριαρχία στο Αιγαίο ένα σύνθημα επικράτησε: ΕΝΩΣΗ. Σε έκτακτη σύγκληση της Εθνοσυνέλευσης στις 11 Νοεμβρίου 1912 ο Θεμιστοκλής Σοφούλης, μπροστά σε μια πάνδημη συγκέντρωση, στο ναό του Αγίου Σπυρίδωνος, «εν μέσω κατανυκτικής σιγής» γεμάτης προσμονής και ενθουσιασμού, κήρυξε την ένωση με την Ελλάδα, στέλνοντας ψήφισμα στον Ελ. Βενιζέλο.
Εκείνος απάντησε θετικά με την επιφύλαξη των διπλωματικών δυσχερειών. Πρόεδρος της προσωρινής κυβέρνησης διορίσθηκε ο Σοφούλης μέχρις ότου στις 2 Μαρτίου του 1913 κατέπλευσε στον Λιμένα του Βαθιού μοίρα του ελληνικού στόλου για την επίσημη αναγνώριση της απελευθέρωσης του νησιού.
Στις 5 Οκτωβρίου 1912 ξεκινά ο Πρώτος Βαλκανικός Πόλεμος. Τον Νοέμβριο 500 εθελοντές Σαμιώτες, με επικεφαλής τον Θεμ. Σοφούλη, πηγαίνουν στην Αθήνα, για να γίνει συνεννόηση για την ένωση του νησιού με την υπόλοιπη ελεύθερη Ελλάδα. Τότε δίνουν για την ενίσχυση του ελληνικού στρατού ένα σημαντικό χρηματικό ποσό από εράνους που πραγματοποίησαν. Ο Σοφούλης συνεννοείται με τον Ελ. Βενιζέλο για την ένωση της Σάμου και επιστρέφοντας στις 10 του Νοέμβρη 1912 στο νησί, κηρύττει την Ένωση της Σάμου με την Ελλάδα. Ειδοποιείται ο ηγεμόνας του νησιού να το εγκαταλείψει και την επομένη, 11η του μήνα, ημέρα Κυριακή και ώρα 2:00 μ. μ., πηγαίνει στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα, στο Βαθύ, ο Θεμιστοκλής Σοφούλης συνοδευόμενος από τις αρχές του νησιού. Οι κάτοικοι είχαν κατακλύσει την εκκλησία και τους γύρω χώρους, οι καμπάνες χτυπούσαν χαρμόσυνα και η γαλανόλευκη κυμάτιζε. Τότε ο Θεμ. Σοφούλης, με δάκρυα στα μάτια, διακήρυξε την πανηγυρική ένωση της Σάμου με την Ελλάδα.
Όμως η επίσημη αναγνώριση δεν είχε ακόμη γίνει από την ελληνική κυβέρνηση. Η Ένωση δεν έγινε αμέσως αποδεκτή (επισήμως) από τον Βενιζέλο, γιατί ο πρωθυπουργός φοβόταν περιπλοκές κι αιματοχυσίες. Ακολούθησαν πάνδημα συλλαλητήρια στην κυρίως Ελλάδα και έτσι, στις 2 Μαρτίου 1913 η ελληνική κυβέρνηση στέλνει στη Σάμο, το θωρηκτό «Σπέτσαι», συνοδευόμενο από το εμπορικό «Θεσσαλία» με δύο λόχους στρατού για την κατάληψη του νησιού.
Στις 2 Μαρτίου, ημέρα Σάββατο, τα ελληνικά πλοία αγκυροβολούν στο λιμάνι του Βαθιού. Παράλληλα, περιπολούν ανοιχτά από τη Σάμο τα αντιτορπιλικά «Νίκη» και «Βέλος» που είχαν φτάσει από τη Χίο. Ο ελληνικός στρατός γίνεται δεκτός με εκδηλώσεις ενθουσιασμού. Η ενσωμάτωση της Σάμου με την ελεύθερη Ελλάδα ήταν πλέον πραγματικότητα. Η Σάμος έκτοτε αποτελεί αναπόσπαστο τμήμα της.
