Η περίπτωση του μαρτυρίου του Μητροπολίτου Σμύρνης Χρυσοστόμου Καλαφάτη είναι ξεχωριστή και μοναδική, ένα απαράμιλλο μεγαλείο ηρωισμού και αυτοθυσίας, όχι φυσικά για τα μαρτύρια και του εξευτελισμούς που υπέστη αλλά κυρίως γιατί είχε τη δυνατότητα να εγκαταλείψει τη Σμύρνη και να γλυτώσει.
Καθώς τα τελευταία υποχωρούντα τμήματα του ελληνικού στρατού τις βραδινές ώρες της 8ης Σεπτεμβρίου πέρναγαν από το Κοκάργιαλι (νότια της Σμύρνης) με κατεύθυνση προς τη χερσόνησο της Ερυθραίας και η εμπροσθοφυλακή του τουρκικού στρατού εμφανίστηκε στα υψώματα πάνω από την πόλη, άρχισε το δράμα της Σμύρνης, των κατοίκων της και φυσικά των προσφύγων που είχαν φθάσει στην περιοχή.
Ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος μετατέθηκε από τη Μητρόπολη της Δράμας στη Σμύρνη το 1909, μετά από αίτημα των κατοίκων οι οποίοι είχαν εντυπωσιαστεί από τη δράση του μαχητικού ιεράρχη κατά των Βουλγάρων κομιτατζήδων. Για τη θέση αυτή προοριζόταν ο επίσκοπος Ιάκωβος, μετέπειτα Μητροπολίτης Δυρραχίου και Μυτιλήνης. Η ισχυρή προσωπικότητα και η έντονη εθνική δράση του Χρυσοστόμου ενόχλησαν την τουρκική διοίκηση και ο νομάρχης Αϊδινίου Ραχμί Μπέης πέτυχε το 1914 την απομάκρυνσή του.
Παρέμεινε στο Φανάρι και επέστρεψε στη θέση του τον Ιανουάριο του 1919, μετά το τέλος του Μεγάλου Πολέμου και τη συνθηκολόγηση της Τουρκίας.
Την ίδια περίοδο στρατιωτικός διοικητής και ταυτόχρονα νομάρχης Αϊδινίου τοποθετήθηκε ο ήρωας των μαχών κατά των Βρετανών στη Συρία Νουρεντίν Πασά (Nurettin Paşa), ενώ στο λιμάνι της Σμύρνης ναυλοχούσε ο στολίσκος των πλοίων των χωρών της Αντάτ, για την επιβολή των όρων της ανακωχής, στον οποίο περιλαμβάνονταν το Α/Τ «Λέων» με κυβερνήτη τον πλοίαρχο Μαυρουδή. Κατά την τουρκική πλευρά ο Χρυσόστομος σε συνεργασία με τον πλοίαρχο Μαυρουδή πέτυχαν το Μάρτιο του 1919 την απομάκρυνση του Νουρεντίν πασά από τη θέση του. Έκτοτε ο τούρκος αξιωματικός έτρεφε μίσος για το Μητροπολίτη Χρυσόστομο και δεν θα αργούσε να το δείξει αφού μετά την κατάρρευση του ελληνικού μετώπου, τοποθετήθηκε ξανά στρατιωτικός διοικητής και νομάρχης στην περιοχή της Σμύρνης στην οποία μπήκε το βράδυ της 9ης Σεπτ. 1922 με ένα σύνταγμά του.
Τις πρωινές ώρες του Σαββάτου της 9ης Σεπτ. 1922, ενώ ο Χρυσόστομος ολοκλήρωνε τη θεία λειτουργία στην Αγία Φωτεινή, οι τσέτες του Κιόρ-Πεχλιβάν (ήταν μονόφθαλμος) εμφανίστηκαν στα περίχωρα της πόλης σκορπώντας τον τρόμο στους κατοίκους. Στις 11 το πρωί ο Μητροπολίτης Εφέσου Χρυσόστομος έφθασε στη Μητρόπολη (από το Κορδελιό) και βρήκε τον ήρωα ιεράρχη στο γραφείο του. Οι δύο ιεράρχες συζήτησαν την περίπτωση αποστολής επιστολής προς τις προξενικές αρχές της πόλης για την προστασία των χριστιανών κατοίκων. Πληροφορούμενοι όμως την είσοδο στην πόλη μετά το μεσημέρι (14.00) του τουρκικού ιππικού και την ανάληψη της διοίκησης της πόλης, αποφάσισαν να αποταθούν στις τουρκικές αρχές.
Την ίδια ώρα έφτασε στη Μητρόπολη ένα όχημα της αστυνομίας με ένα αστυνόμο και παρέλαβε το Χρυσόστομο για να παρουσιαστεί στον φρούραρχο συνταγματάρχη Σαλίχ Ζεκί.
Μετά από λίγο επέστεψε φέρνοντας την προκήρυξη της εφαρμογής του στρατιωτικού νόμου. Η προκήρυξη αμέσως τοιχοκολλήθηκε στα κεντρικά σημεία της πόλης, μεταξύ των άλλων ζητείτο η παράδοση των όπλων εντός 48 ωρών καθώς και η παράδοση κρυμμένων Ελλήνων αξιωματικών και οπλιτών.
Στις 19.30 της ίδια μέρας έφθασε ξανά το ίδιο όχημα συνοδευόμενο από δύο ιππείς προκειμένου να παραλάβει ξανά το μάρτυρα ιεράρχη για να παρουσιαστεί στο Νουρεντίν πασά μαζί με μερικούς δημογέροντες. Πράγματι βρέθηκαν στα σπίτια τους οι Νικόλαος Τσουρουκτσόγλου (εκδότης της γαλλόφωνης εφημερίδας Reforme) και ο Δ. Κλιμάνογλου.
Με την είσοδο του ιεράρχη και των προκρίτων στο διοικητήριο οι πληροφορίες για την εξέλιξη των γεγονότων που οδήγησαν στο λυντσάρισμα τους είναι ελάχιστες, τελευταίο σημείο ζωής από τον ήρωα ιεράρχη ήταν η αποστολή, στις 10.30 το βράδυ, με έναν Τούρκο αστυνομικό στη Μητρόπολη ενός σημειώματος που έγραφε «Αδελφέ Ευγένιε κρατηθήκαμε εγώ ως πρόεδρος και οι άλλοι ως μέλη της Αμύνης».
Η άποψη που επικράτησε στην ελληνική ιστοριογραφία είναι ότι το βράδυ της 9/10ης Σεπτ. 1922 ο Χρυσόστομος και οι δημογέροντες κρατήθηκαν στο διοικητήριο. Ο Νουρεντίν κατηγόρησε τον Χρυσόστομο για «εσχάτη προδοσία» κατά της «Οθωμανικής πατρίδας» και τον παρέδωσε το πρωί της Κυριακής 10 Σεπτ. 1922 στο συγκεντρωμένο όχλο. Κατά τη μαρτυρία γαλλικής περιπόλου «Άρπαξαν το Μητροπολίτη και κτυπώντας τον οδήγησαν στο κουρείο ενός Λεβαντίνου, του φόρεσαν άσπρη μπλούζα τον κούρεψαν και του έκοψαν τα γένια. Προτού πεθάνει ο μάρτυρας ιεράρχης, από τέσσερις πυροβολισμούς (κατ’ άλλους με μία μαχαιριά) ενός Τουρκοκρητικού, ακρωτηριάστηκε φρικτά.».
Ως τόπος του μαρτυρίου φέρεται κατ’ άλλους η πλατεία στη γειτονιά «Tilkilik Mahallesi» της τούρκικής συνοικίας, που είναι μεταξύ Μπασμανέ (Basmane) και Αγοράς και κατ’ άλλους η γειτονία των «Δύο τσεσμέδων-İkili Çeşmelik», που βρίσκεται στην περιοχή του διοικητηρίου (Konak). Ο δημοσιογράφος Β. Βεκιαρέλλης το 1929 επισκέφτηκε την καμένη Σμύρνη και σε ανταπόκριση του, που δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα «ΕΘΝΟΣ» της 13 Φεβ 1929, αναφέρει ως πιθανό τόπο του μαρτυρίου τη γειτονιά των «Δύο Τσεσμέδων». Επίσης αναφέρει ότι περιφερόμενος Τούρκος στη γειτονιά «Μπαστουράκι» της τουρκικής συνοικίας ισχυρίστηκε ότι «φύλαγε για μια εβδομάδα το χέρι του μάρτυρα ιεράρχη και μετά το πέταξε στη θάλασσα … του βγάλανε τα μάτια και του έκοψαν τα δύο αυτιά και τα έδωσαν στο χέρι για να στείλει ένα στο Βενιζέλο και ένα στον Κωνσταντίνο». Από τα παραπάνω προκύπτει ότι ο μάρτυρας Μητροπολίτης Σμύρνης τεμαχίστηκε και είναι άγνωστο που θάφτηκαν τα κομμάτια του σώματός του, αν φυσικά θάφτηκαν, διότι το πιο πιθανό είναι να πετάχτηκαν στα σκουπίδια βορά των αδέσποτων σκύλων.
Η τουρκική πλευρά, μέσω πανεπιστημιακών εργασιών και μελετών διαφόρων ιδρυμάτων δεν αρνείται το μαρτύριο και τους εξευτελισμούς που υπέστη ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος, αλλά απαλλάσσει των ευθυνών της την τουρκική ηγεσία (Ο Κεμάλ μαζί με τους Ινονού, Φεβζί πασά και Φαχρετίν πασά ήταν στις 10 Σεπτ. 1922 μαζί με τον Νουρεντίν πασά στο διοικητήριο) και αποδίδει το μαρτυρικό θάνατο του Χρυσοστόμου στο μίσος του τουρκικού όχλου εξαιτίας της τρίχρονης ελληνικής κατοχής. Συγκεκριμένα «το πρωί της 10ης Σεπτ. 1922 ο ιεράρχης πληροφορούμενος την έλευση του Κεμάλ στην πόλη πήρε το θάρρος και μαζί με μερικούς πρόκριτους θέλησε να τον επισκεφθεί στο διοικητήριο. Ο Κεμάλ αρνήθηκε να τον δεχθεί και είπε στο Νουρεντίν “Senin dostundur - Ο φίλος σου”, ο οποίος τον δέχθηκε στο διπλανό γραφείο παρουσία του Φαχρεντίν πασά και αφού τον κατηγόρησε για προδοσία διέταξε να οδηγηθεί μαζί με τους πρόκριτους στον αστυνομικό σταθμό των “Δύο τσεσμέδων” για ανάκριση. Κινούμενος ο Μητροπολίτης με τη φρουρά για τον αστυνομικό σταθμό, δέχθηκε την επίθεση του όχλου και λυντσαρίστηκε».
Η τουρκική άποψη πάσχει από την ύπαρξη του σημειώματος που έστειλε ο ιεράρχης στον αδελφό του Ευγένιο το βράδυ της 9/10ης Σεπτ. 1922, γεγονός που αποδεικνύει ότι αυτός και οι δημογέροντες κρατήθηκαν τη νύκτα στο διοικητήριο. Η Τουρκάλα δημοσιογράφος Ayşe Hür στηριζόμενη σε δημοσίευμα της εφημερίδας “Yeni Asır” της Σμύρνης του Celat Ali το 1973 γράφει «Τη διαταγή για το λυντσάρισμα του Χρυσόστομου την έδωσε ο Νουρετίν πασά και πράγματι ο ιεράρχης βγήκε από το κελί του όπου κρατείτο για να οδηγηθεί στον τόπο της εκτέλεσης και καθώς προχωρούσε η πομπή προς το Namazgah (περιοχή κοντά στο διοικητήριο) το αγριεμένο πλήθος από πίσω αυξανόταν και ξαφνικά κτυπήθηκε με ρόπαλο στο κεφάλι, στη συνέχεια το σώμα του τεμαχίστηκε (parça parça edildi) και πετάχτηκε σε μια γωνία».
Ανεξάρτητα από την εξέλιξη των γεγονότων του διημέρου 9-10 Σεπτ. 1922, που οδήγησαν στον μαρτυρικό θάνατο του ήρωα ιεράρχη Χρυσοστόμου Καλαφάτη, ήταν η απαρχή και ένα κακό σημάδι για το τι επρόκειτο να ακολουθήσει στη μαρτυρική πόλη, το στολίδι της Ανατολής, τη Σμύρνη. Μετατράπηκε μέσα σε λίγες μέρες σε σωρούς από στάχτες, μέσα στις οποίες θάφτηκαν το μεγαλείο, η απαράμιλλη ομορφιά και η ζωτικότητα μιας μοναδικής για την εποχή κοινωνίας ανθρώπων, με διαφορετικές θρησκείες και κουλτούρες. Μαζί με τη χαμένη ομορφιά της Σμύρνης ξεριζώθηκε και ο Μικρασιατικός Ελληνισμός και στις χαμένες πατρίδες απέμειναν σπαρμένα κόκαλα στα πεδία των μαχών, καμένα πτώματα στις γειτονιές της Σμύρνης, τουμπανισμένα κορμιά στην επιφάνεια του λιμανιού και σκελετωμένες ανθρώπινες υπάρξεις από τις κακουχίες και την πείνα στις μακρόσυρτες πορείες προς την Ανατολή των «ταγμάτων εργασίας».
