Τό ἔτος 1452 μ.Χ. τό Ἔθνος ὑπέστη μία μεγάλη δοκιμασία· τήν «ψευδοένωση» τῶν ἐκκλησιῶν. Στήν Κωνσταντινούπολη, στίς 12 Δεκεμβρίου 1452, μέ πρωτοβουλία τοῦ Κωνσταντίνου Παλαιολόγου (εἶχε τήν ἀπατηλή ἐντύπωση ὅτι ἔτσι ἐξυπηρετοῦσε τό ἔθνος, ξεχνώντας ὅτι ὁ μόνος φίλος καί ἀνίκητος σύμμαχος εἶναι ὁ ἴδιος ὁ Σωτῆρας Χριστός) γίνεται «ἑνωτική λειτουργία», παρόντος τοῦ καρδιναλίου Ἰσιδώρου (ἀπεσταλμένου τοῦ πάπα).
Ὁ αὐτοκράτορας Κωνσταντῖνος ὀργάνωσε τό ἐπίσημο συλλείτουργο στήν Ἐκκλησία τῆς Ἁγίας Σοφίας παρουσίᾳ τοῦ ἀντιπρόσωπου τοῦ πάπα καρδινάλιου Ἰσίδωρου, στά πλαίσια τῆς «ἑνωτικῆς πολιτικῆς» πού ἐφάρμοζε ἔχοντας τήν ψευδαίσθηση ὅτι θά σωθεῖ ἡ Βασιλεύουσα μέ τή βοήθεια τοῦ πάπα, ἀπό τόν ἐξαιρετικά ἀσφυκτικό τουρκικό κλοιό.
Ἐκείνη τήν ἐποχή ὁ πρωτοσύγκελος ἀρχιμανδρίτης Ραφαήλ, ἀλλά καί ὁ διάκονος Νικόλαος βρίσκονταν στήν Κωνσταντινούπολη. Στίς 12 Δεκεμβρίου τοῦ 1452, ἀνήμερα τοῦ ἁγίου Σπυρίδωνος, ἔλαβε χώρα τό συλλείτουργο αὐτό. Ὅμως, ὁ πρωτοσύγκελος Ραφαήλ δέν θέλησε νά παραστεῖ καί οὔτε καί τόν διάκονό του ἄφησε νά πάει. Γνώριζε πολύ καλά ὅτι αὐτό θά ἦταν προδοσία τῆς Πίστεως, ἐπέλεξε νά πειθαρχήσει στόν Θεό καί ὄχι στόν αὐτοκράτορα.
Ὁ ἀσυγκράτητος θυμός τοῦ Παλαιολόγου
Ὁ αὐτοκράτορας θύμωσε πάρα πολύ καί τιμώρησε μέ ἐξορία τούς δύο ἱερεῖς προσωρινά στήν Αἶνο. Γι’ αὐτό καί ὁ ἅγιος Ραφαήλ ὀνομάζεται καί ὁμολογητής, διότι παράτησε τίς τιμές καί δόξες τοῦ ἀξιώματός του καί δέν ὑπολόγισε τό κόστος τῆς ἐναντίωσής του στόν αὐτοκράτορα, προκειμένου νά ὑπερασπιστεῖ τήν ἀλήθεια τῆς Ὀρθοδοξίας ἔναντι τῆς αἱρέσεως τοῦ παπισμοῦ.
Τίς τελευταῖες ἡμέρες ὅμως πρίν τόν ἡρωικό θάνατό του ὁ αὐτοκράτορας Κωνσταντῖνος, ὅταν δέν ἦρθε ἡ δυτική βοήθεια, κατάλαβε τό τραγικό του λάθος, καί μέσα στήν Ἁγία Σοφία, τήν τελευταία νύχτα, ζήτησε συγχώρεση ἀπό τὸν Θεό καί ἀνθρώπους καί ἥσυχος τήν ἑπομένη, ἔπεσε ὡς ἥρωας καί ἐθνομάρτυς, ἀφοῦ πρῶτα ἐξομολογήθηκε καί κοινώνησε ὡς ἀληθινός ὀρθόδοξος γι΄ αὐτό καί ὁ ἅγιος Ραφαήλ συνήθιζε νά τόν ἀποκαλεῖ μετά τήν ἡρωική θυσία του μέ δάκρυα στά μάτια «ἅγιο αὐτοκράτορα Κωνσταντῖνο».
Αὐτός ἦταν ὁ λόγος λοιπόν πού, ὅταν ἄρχισε ἡ πολιορκία τῆς Βασιλεύουσας ἀπό τούς Τούρκους οἱ δύο ἅγιοι πατέρες βρίσκονταν ἐκτός τῶν τειχῶν της καί μετά πέρασαν στήν Μακεδονία. Ἐκεῖ ἦταν, ὅταν συνέβη ἡ ἅλωση τῆς Κωνσταντινουπόλεως, τήν ἀποφράδα ἐκείνη ἡμέρα Τρίτη 29η Μαΐου 1453, ἀπό τούς ἐπιδραμόντες ἀπό τά βάθη τῆς Ἀσιατικῆς Μογγολίας Σελτζούκους Τούρκους.
Ὁ τελικός προορισμός τους ἦταν ἡ Λέσβος, ὅπου καί μαρτὐρησαν ἐννέα ἔτη μετά, τόν Ἀπρίλιο τοῦ ἔτους 1462 μ.Χ.