Στα τέλη του 3ου αιώνα μ.Χ., μία εποχή, όπου ο χριστιανισμός εμφανίστηκε κι άρχισε να εξαπλώνεται στην ευρύτερη περιοχή του Πόντου υπό την αυτοκρατορία των Διοκλητιανου και Μαξιμιανου, ο Άγιος Ευγένιος έζησε και μαρτύρησε στην Τραπεζουντα.
Σε μία περίοδο σκληρων, ίσως και των σκληροτέρων, διωγμων απέναντι στους Χριστιανούς, όταν οι έπαρχοι της Καππαδοκίας και Αρμενίας, Λυσίας και Αγρικόλαος, έκαναν πράξη το απάνθρωπο διάταγμα να θανατώνουν κάθε πιστό της νέας θρησκείας, ο Άγιος Ευγένιος έζησε και μαρτύρησε, μαχόμενος κάθε στιγμή υπέρ της παρρησίας της βαθιάς του πίστης στον Ιησού Χριστό και το κήρυγμά του.Κατά τον Ιανουάριο του 290 μ.Χ. , ξεκινά το μαρτύριο του Ευγενίου και των συναθλητων του (Κανιδίου, Ουαλεριανου και Ακύλα).
Εθνικοί της Τραπεζουντας καταγγέλλουν στο Λυσία τους τέσσερεις συναθλητές με την κατηγορία ότι διδάσκουν το λόγο του Εσταυρωμένου και κρύβονται σε δασώδη περιοχή. Οι διώκτες οδηγουνται στη σύλληψη του Κανιδίου, αρχικά, κι έπειτα του Ουαλεριανου καθ’υπόδειξη του Ακύλα, ο οποίος ειχε ήδη ομολογήσει την πίστη του στο Χριστό. Οι τρεις συναθλητές περνουν όλη τη νύχτα στη φυλακή προσευχόμενοι και ψάλλοντας ύμνους στο Θεό. Το πρωί της επομένης ημέρας καλουνται να εμφανισθούν μπροστά στο Λυσία, που έχει φτάσει στην Τραπεζουντα, ανακρίνονται και για μία ακόμη φορά, ομολογουν την πίστη τους. Η παραδοχή της πίστης τους φέρνει αναπόφευκτα το μαστίγωμά τους κι αφου υποβάλλονται σε φριχτότερα βασανιστήρια, επιστρέφουν στη φυλακή.
Εν τω μεταξύ, στον Άγιο Ευγένιο, ο οποίος ολόκληρο το διάστημα αυτό κρυβόταν σε μία σπηλιά μέσα στο δάσος, παρουσιάζεται ο ίδιος ο Χριστός. Τότε, τον παροτρύνει να φανερωθεί και να αναγγείλει την πίστη του. Και πράγματι, ο Άγιος ψάλλει και υμνει το Θεό. Οι προσευχές του ακούγονται και προδίδουν την παρουσία του σε μία γυναικα που περνα, τυχαία, από εκει για να μαζέψει ξύλα. Στο άκουσμα των προσευχων του τρέχει ταραγμένη στην πόλη και τον καταδίδει. Σε μικρό χρονικό διάστημα, ο Άγιος συλλαμβάνεται και κακοποιημένος οδηγειται στη φυλακή, όπου περνα τη νύχτα δοξάζοντας το Θεό. Την επομένη άγεται στο Δούκα Λυσία ενώπιον του οποίου ομολογει την πίστη του. Ωστόσο, ο ίδιος ο Λυσίας τον προτρέπει να προσφέρει θυσία στους θεούς των ειδωλολατρων με αντάλλαγμα τη ζωή του.
Ο Ευγένιος δέχεται και με πληθος κόσμου να τον ακολουθει, εισέρχεται σε έναν ειδωλολατρικό ναό. Καθ’όσο ο Άγιος προσεύχεται στο Χριστό, το συγκεντρωμένο πληθος παρακολουθει έκπληκτο τρία ειδωλολατρικά αγάλματα να θρυμματίζονται και την ίδια στιγμή τα δαιμόνια να παρακαλουν τον Άγιο να μην τα εκδιώξει. Παρά το άξιον θαυμασμου γεγονός, ο Λυσίας προτείνει και πάλι στον Ευγένιο να προσφέρει θυσία στους ειδωλολατρικούς θεούς. Ο Άγιος όμως ειρωνευόμενος, αρνειται την πρόταση αυτή. Υπομένοντας τα φριχτά βασανιστήρια που ακολουθουν, ο Ευγένιος δεν υποκύπτει, παραμένει προσηλωμένος στην πίστη του. Έξαλλος, τότε ο Δουκας διατάζει να ετοιμασθει μια μεγάλη κάμινος και να ριχθούν μέσα και οι τέσσερεις συναθλητές.
Άγγελος Κυρίου αφαιρει εξαίφνης τη δύναμη της φωτιάς κι’ έτσι, οι δημιοι που καταφθάνουν τρεις ημέρες αργότερα στον τόπο του μαρτυρίου αντικρύζουν τους τέσσερεις πιστούς σωους και αβλαβεις. Συνειδητοποιώντας αυτό το αληθινά μεγάλο θαυμα, οι τρεις δημιοι αλλάζουν πίστη και προσέρχονται στο Χριστιανισμό.Αποφασισμένος ο Λυσίας να εκτελέσει την εντολή που του ειχε δοθει, διατάζει τον αποκεφαλισμό των τριων συναθλητων και τη σταύρωση του Ευγενίου. Τα σώματα των τριων μαρτύρων κλέπτονται από ευσεβεις χριστιανούς, οι οποίοι, όμως, λόγω της έντονης κακοποίησής τους, αδυνατουν να τα αναγνωρίσουν. Και, ω του θαύματος!, τα σώματα των συναθλητων βρίσκονται στον τόπο της καταγωγης του καθενός, όπου θάβονται με ιδιαίτερες τιμές.
Εν αντιθέσει, ο Ευγένιος, που βρίσκεται κρεμασμένος στο σταυρό μέσα στη φυλακή, ελευθερώνεται και με τη βοήθεια Αγγέλου θεραπεύονται οι πληγές του. Οι συγκρατούμενοί του, άφωνοι από το μεγαλειο του θαύματος, προσέρχονται και αυτοί στο Χριστιανισμό.
Εξοργισμένος, πλέον, ο Λυσίας καλει και πάλι τον Ευγένιο να παρουσιαστει μπροστά του, αποδίδει τη θεραπεία των οπων του σε «μαγικές ιδιότητες» του Αγίου και διατάζει τον αποκεφαλισμό του. Ο τόσο φριχτός και συγκλονιστικός θάνατός του ηλθε την 21η Ιανουαρίου του 290μ.Χ. Το σκήνωμά του κλάπηκε και τάφηκε πλησίον του τόπου του μαρτυρίου του, όπου και χτίστηκε ο ναός των Ποντίων «Άγιος Ευγένιος» προς τιμήν του!
Τα πρωτα κείμενα που βρέθηκαν να αναφέρονται στο ασύλληπτο αυτό μαρτύριο ανηκουν στον πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, Ιωάννη Ξιφιλινό. Χρονολογουνται δε από το 1042, ενώ με νέα δεδομένα τα θαύματα του Αγίου καταγράφηκαν (και πάλι από τον Ιωάννη Ξιφιλινό) στον κώδικα της μονης Διονυσίου (έκδοση 154). Εκτενής αναφορά στο μαρτύριο το δικό του και των συναθλητων του γίνεται και στο Αρχειο του Πόντου (1953/τόμος 18/σελ.163).
Παρά το μέγεθος των ανωτέρω γεγονότων, η σημερινή θέση του μεγαλομάρτυρος αγίου των Ποντίων στην Ορθοδοξία δεν είναι εκεινη που αξίζει στον σημαίνοντα βίο του και την αξιομνημόνευτη προσφορά του στο Χριστιανισμό, μέσω του μαρτυρίου του.
Η μνήμη του προστάτη αγίου τιμαται στη Μονή του Αγίου Διονυσίου στο Άγιο Όρος, αδιάλλειπτα, από το 1375 μ.Χ. .έως και σήμερα, τόσο στις 21 Ιανουαρίου, ημέρα του μαρτυρίου του, όσο και στις 24 Ιουνίου, ημέρα των γενεθλίων του.
Κάθε αναφορά στην Τραπεζουντα και τον Άγιο Ευγένιο επαναφέρει ζητήματα ιστορικά δέουσας σημασίας. Ο ναός του Αγίου Ευγενίου, έχει μετατραπεί από το 1461 μ.Χ. σε τζαμί (γενί τζαμί τζουμασί), όταν έγινε η άλωση της Τραπεζουντας από το Μωάμεθ, τον κατακτητή, ενώ παραμένει η χηρεια της θέσης του μητροπολίτη Τραπεζουντος από το 1922 μ.Χ. μέχρι σήμερα.
Ναός του Αγίου Ευγενίου υπάρχει σήμερα στην πολύ Ρωμανία της Θράκης.
